بنا بر آخرین رده بندی نظام ارزیابی لایدن، دانشگاه فردوسی مشهد در سال 2018 برای نخستین بار در فهرست 500 دانشگاه برتر جهان قرار گرفت. نظام ارزیابی لایدن یکی از نظام های معتبر ارزیابی دانشگاهی است که هر ساله دانشگاه‌های برتر دنیا را بر اساس شاخص های معتبر علم سنجی مورد ارزیابی و رتبه‌بندی قرار می دهد. در سال ۲۰۱۸ ، دانشگاه‌های دنیا در ۹ شاخص در قالب دو معیار کلی مرجعیت علمی و دیپلماسی علمی در لایدن مورد رتبه‌بندی قرار گرفتند.... این ارزیابی ها از تولیدات علمی دانشگاه‌ها در سال های ۲۰۱۳ الی ۲۰۱۶ از پایگاه اطلاعاتی Web of Science استفاده کرده است.معیار مرجعیت علمی (تاثیر علمی) از شاخص‌هایی چون مقالات یک درصد برتر، مقالات ۵ درصد برتر، مقالات ۱۰ درصد برتر و مقالات ۵۰ درصد برتر بهره گرفته است.معیار دیپلماسی علمی نیز از شاخص هایی چون همکاری علمی، همکاری بین‌المللی، همکاری صنعتی، همکاری علمی با فاصله جغرافیایی کمتر از ۱۰۰ کیلومتر و همکاری علمی با فاصله جغرافیایی بیشتر از ۵۰۰۰ کیلومتر استفاده کرده است.بر اساس این نظام رده بندی دانشگاه فردوسی مشهد از رتبه 509 در سال 2017 به رتبه 478 ارتقا یافته است و در سطح داخلی از رتبه چهارمین دانشگاه جامع کشور به رتبه سومین دانشگاه جامع کشور ارتقا یافت.یادآور می شود در رتبه‌بندی سال جاری این نظام، تعداد ۲۳ دانشگاه از ایران در جمع ۹۳۸ دانشگاه برتر جهان قرار گرفتند و کشور ترکیه دارای ۱۹ دانشگاه، مالزی دارای پنج و عربستان دارای چهار دانشگاه بوده‌اند.